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待顾宪成回到故里南直隶常州府无锡县，与弟弟顾允成共同倡议重修东林书院，之后并与明揭阳县典史：高攀龙、明都察院福建道监察御史兼广西巡按：钱一本、明光州学正：薛敷教、明太仆寺少卿：史孟麟、明安吉州判官：于孔兼，诸人一起讲学其中，每岁一大会，每月一小会。

时士大夫怀志而为当局罢斥者，多闻风响附，学舍至不能容，讲学之余，往往讽议时政裁量人物，朝内的官员亦遥相应和，由是东林之名大著。

人称顾宪成等辞官大臣为「东林党」其后，明刑部尚书：孙丕扬、明南直隶吏部员外郎：邹元标、明吏部考功清吏司郎中：赵南星，等人也相继到此讲学，自负气节，愿与朝廷相抗，是为东林党之议开始。

而浙江承宣布政使司宁波府鄞县人士，明詹事府少詹事兼翰林院侍读学士：沈一贯，以善于奉承因此得明神宗欢心，遂入内阁，成为浙江承宣布政使司派系官僚首领，人称为〈浙党〉。

东林党人以讲学联络人士，浙党人恃权求胜，从此东林党、浙党，之间互相争斗长达五十年。

5月28日南直隶凤阳行都督府颍州百姓：王自简，聚众千人发动造反，旋即遭到官军镇压。

6月20日，朝廷以明颍州兵备道副使：李骥，等俘获王自简等人有功，下令嘉奖，并各赏银有差。

10月23日，与明蓟辽总督：顾养谦，一起力主对幕府议和封贡的明兵部尚书：石星，再次上疏请尽快封贡幕府，并说道“当初幕府倭军攻占李氏**王国，是利用其威，及其退还王京、送回王子和陪臣，是讲食用，陛下慨然许封，则当尽快封之，一封而倭寇以退，李氏**王国以保，外患以息，内备以修，今倭军久住釜山浦，我朝之欲封不封，既已失信！彼之请封未封，必复生疑，故封后而勒令尽归，宜无不得，封前而数为责备，似难必行，宜一面令倭使：小西飞，进京确示予封之信，一面令侵朝倭军统帅：小西行长，即退以待册使往之，即使小西行长不敢速归，待册使至而返，亦无不可，封则李氏**王国暂安，得自为战守，若复设难成之约，则祸及李氏**王国，全罗左右道必失，我辽东都指挥使司亦难以支持，若封后有反复，臣愿自往莅，事不济则治臣罪。”

于是明神宗听后觉得有理，就让司礼监太监们去传诏幕府使者：小西飞，火速进京确认御旨，

双方在内城太仆寺内谈判，大明