于是明湖广总镇总兵便进入苦菜关，听闻前任明贵州总镇总兵：童元镇，在乌江战败心生恐惧，请求撤退被明湖广川贵总督否定。

随后明湖广总镇总兵就进军楠木桥，驻扎在湄潭河，时匪徒全都聚集在青蛇屯、长坎屯、玛瑙屯、保子屯，四座屯子里，地势都很险要，明湖广总镇总兵首先攻击其余三屯，然后在进攻青蛇屯。

此时明湖广总镇左参将也来会师，被调到青蛇屯后埋伏，另外派一支部队把守板角关，防止敌人逃跑，经过三天苦战，明军攻占了三屯，又用重金收买不怕死的人从玛瑙屯后面爬着树藤到山后架起虎蹲炮开火。

吓得叛军大乱，明军奋战之下，全歼了七牌的匪徒。

然而明湖广总镇左参将统兵进剿失利，退驻到湖广承宣布政使司靖州，而当前明军方正集结大军征讨四川承宣布政使司播州宣慰使司，故此已无暇对付叛贼天皇上将：吴国佐，让其势力益张。

明四川总镇总兵：刘綎，进军重庆府綦江县连破楠木山和羊简台、三峒天险又打败叛贼首领：杨应龙、杨朝栋，所统的苗军，而巾帼英雄：秦良玉，与丈夫明石柱宣抚使：马千乘，率兵攻下金筑七寨同酉阳宣抚使司土司军一起攻下桑木关为南川路战功第一，其他几路明军也都取得胜利。

其后明四川总镇总兵又攻占了娄山关，而叛贼首领率领苗军决一死战又败。

接着明湖广总镇总兵又分兵六路，攻克了大小三渡关，乘胜直达海龙屯之下，这时明四川总镇总兵已占据播州宣慰使司天险之地；龙爪屯、海云屯、海龙屯，与各路明军合围，又破大城县，各路明将都聚集攻击海龙屯前阵。

唯独明贵州宣慰使兼贵州布政司左参议、怀远将军、定远侯：安疆臣，在后方攻击，战局了四十多天相持不下。

其中贵州宣慰使司部众还接受播州宣慰使司叛军的重礼贿赂，偷偷地把明军火器辎重送给叛军。

此事被明湖广总镇总兵知晓后，当即就勒令明贵州宣慰使后撤三十里，湖广明军也转移到别处，并在距离海龙屯一丈多远的地方安置了一百多个铁牌，使叛军强劲的弓箭失去了作用。

还用竹子削成箭板安放在栅栏前面，使得叛军每天晚上出来作乱，都被竹箭板钉伤，于是不敢外出。

叛军首领：杨应龙，也意识到了这种山穷水尽的地步，他和部下在一起哭泣，明湖广川贵总督