明毅宗：朱由检，对此非常震怒，决定罢免了王总镇经略一职位，继续与官员们商议该改派其余将领继任。

6月初4日，明工科给事中：刘安行，巡视太仓银库时，奏报要预支官俸之弊，积侵三十六万两白银。

于是明毅宗急忙命令明工科给事中同户部清核，自某年某月某日某人，历历查明，限旬日奏上。

6月12日，得不到大明朝廷市赏的漠南蒙古察哈尔部胡图克图汗情况非常糟糕，内部严重缺乏物资，因此决定发兵大举入侵山西行都指挥使司大同府，击杀守边军民数万人，差点就攻占了大同右卫边境长城地带。

明廷本欲以漠南蒙古右翼诸部来抵御漠南蒙古察哈尔部胡图克图汗，但怎奈传令时漠南蒙古右翼诸部皆已覆灭。

恰好漠南蒙古察哈尔部胡图克图汗也无意得罪大明，便在附近劫掠一番后下令撤退。

6月21日，明毅宗复起用前任明贵州总镇巡抚：朱燮元，为「南直隶兵部尚书」总督云南都指挥使司、贵州都指挥使司、四川都指挥使司、湖广都指挥使司、广西都指挥使司，五司军务移驻贵州承宣布政使司贵阳军民府新贵县贵竹长官使司负责招抚土司流民。

乃至广开垦田、恢复经济、占据险要，立营垒，充实军伍。

上任之后的明南直隶兵部尚书兼五司总督：朱燮元，立即征调云南都指挥使司滇军攻下霑益州乌撤后守御千户所直逼四川承宣布政使司乌撒军民府乌撒卫、四川都指挥使司川军则出兵永宁宣抚使司永宁卫，在攻下毕节卫。

而明南直隶兵部尚书兼五司总督自己则率兵驻扎在贵阳军民府新贵县贵竹长官使司陆广河巡检司地界。

首先由水西叛军首领罗甸大王：安邦彦，与永宁叛军首领大梁王：奢崇明，前来攻击明军阵地。

明南直隶兵部尚书兼五司总督就传令明贵州总镇总兵：许成名，率军佯攻败退故意诱敌深入，又另派兵三路捣其叛军老巢，再由明四川总镇总兵：侯良柱、明叙泸副使：刘可训，与叛军战于永宁卫。

后又与川军汇合，大破水西土司叛军。

7月初3日，朝廷得知东虏建奴军撤走后，朝廷经过商议后，还是决定让袁总督来担任辽东总镇经略的职务，因此朝廷政策又发生了改变。

在圣旨派发之前，袁总督就上奏朝廷选择要守土安民，因此宁远