攻不下护城河，就开会商议最终采用了明抚宁卫镇抚使之策，以火药火炮炸城，待城垛崩塌之时，明天津卫左参将、明宁远卫右参将，等将领一拥而上夺其护城河城门。

由明鳌山卫副总兵：王来聘，率部首先登城作战，却受伤而死！

很快登城明军就控制住了城楼上下的叛军，明登莱监军：高起潜，还在登州卫郊外的挂傍山上筑建了一座炮台，开始用红夷大炮炮轰登州卫指挥所。

这让明叛将：孔有德、耿仲明，两人无奈只能选择弃城出海逃亡，城破明军俘虏叛军千余人，而叛军们仓惶自尽及投海死者不计其数。

在海上叛将：耿仲明，负责殿后拖住山东都指挥使司威海卫、登州卫、莱州卫、成山卫，四支水师明军的追击。

三天后叛将：耿仲明，才逃跑前去追赶孔有德，两人往东江镇与皮岛辖区避难，至此登州府孔李叛乱被平定。

另一边明东江总镇总兵：黄龙，得知叛军经过自己辖区时，当即就派遣了明东江镇水营游击将军：尚可喜，率领水师船队前去围堵叛军，但因追击叛军途中遭遇到了飓风，而导致部分船只失去了方向。

最终船只来到了登州卫码头时，又被明广宁左屯卫指挥使：祖大弼，坏疑是叛军余党，便下令士兵攻击。

打得尚游击措手不及，幸好明东江总镇总兵及时赶到搭救他们返回海上。

回到东江镇地界后，黄总镇总兵预计叛军们兵败后，有可能会从沙门岛、鼍矶岛、皇城岛，上岸去偷袭金州守御千户所、金州卫，因此早已传令将士们严阵以待。

还让明中协副总兵：周文郁，等将领配合对叛军穷追不舍。

3月10日，明军水师缴榜李氏**王国，要求李氏**平安东西道驻军，务必要拦截叛军北上联络东虏建奴的去路。

因此明军与叛军在鸭绿江卓山大战，击溃了叛军生擒叛军伪都司：毛有顺、毛承福、毛承禄、苏有功、陈光福，及其党高志祥等十六人，斩叛将：李应元，俘虏一千叛军，夺还妇女无数。

明东江镇水营游击将军：尚可喜，也因平叛有功，被提升为〔广鹿岛左参将〕。

3月13日，李氏**仁祖陵阳大君纯孝郡王：李倧，得知大明叛军游走于海防时，也暗自下令李氏**平安西道驻军出陆面出击，明军则在海上堵截，双方攻叛军于麻坨山。