巡抚就请他移军别处，最后明宁远卫总兵被召回京明熹宗改派明蓟辽督师：王之臣，代替高第为（辽东经略）。

好在明辽东经略：王之臣，上奏熹宗留满桂去协助明山海卫总兵：杨麟，一起镇守，但明辽东巡抚却反对此举，无奈朝廷商议命明辽东经略督师关内明军、明辽东巡抚督师关外明军，划关而守但之后又召明辽东经略回京，由明九千岁派明监军太监：刘应坤，去宁远卫并传旨辽东都司关内外所有军事全权由明辽东巡抚处理，而在京城的王之臣则被加封为（太子太保）

此时后金天聪汗：爱新觉罗·皇太极，改元年号（天聪），随后派出后金和硕二贝勒：爱新觉罗·阿敏、后金和硕五贝勒：爱新觉罗·济尔哈朗，率3万铁骑渡过鸭绿江后金和硕二贝勒攻占李氏**平安西道义州、后金和硕五贝勒则率大军进攻东江明军镇守的铁山，还把明军打退到了皮岛。

后金和硕二贝勒认为皮岛隔海相望又没有水师无法进攻，而义州则容易被攻取所以他认为李氏**防御力较弱足以取胜，因此后金把进攻目标转为李氏**。

两路后金军大举南下放兵四处劫掠、另一面又派使者去向李氏**元宗纯孝郡王：李倧，议和得知后金大军南下而各路援军不敢前来！的消息李氏**元宗郡王惊恐万状，连忙将后妃送到江华岛避难。

接着明东江总兵与李氏**双方奏朝廷，明熹宗就派明军前来支援，就在朝廷兵部让明辽东巡抚发兵救援时，明辽东巡抚却以兵力不足粮草不够等原因迟迟不发！后金又派使者与明辽东巡抚议和，刚好他也想利用议和来拖住后金。

于是后金二贝勒趁机进军先后攻占安州郡、平壤府直到黄海道才停止进攻，并安营扎寨双方进行一个月的谈判，李氏**迫于后金军事压力基本答应后金提出的［送质子、纳贡、去大明年号尊后金年号、结盟宣誓、约为兄弟之国，但不剃发易服］史称〈丁卯胡乱〉。

不久后金南四卫副将：刘兴祚，重归大明他向明东江总兵献计说道“毛总兵大人，我兄弟亲族都在萨尔浒城中可当作内应，请速派大军前来。”而萨尔浒城位于后金大后方是屯积粮草区，明东江总兵就调明登州卫参将：耿仲明，率军千里夜袭一看见后金哨兵就掩杀，抵达萨尔浒城时还派细作入城暗通城中刘兴祚之弟：刘兴贤、刘兴治，两人里应外合一举攻破城池，明登州卫参将入城之后就对城中的八旗军大开杀戒斩首3千人、俘虏69人与刘氏兄弟胜利还师